Pada zaman dahulu kala, wilayah pedalaman Jawa Timur masih didominasi oleh hutan belantara yang sangat lebat dan asri. Di tengah hutan tersebut, mengalir sungai yang jernih dan dikelilingi oleh pepohonan rindang yang menjadi tempat bernaung berbagai jenis satwa.
Suatu hari, seorang ulama dan tokoh pengelana bernama Ki Ageng Surandaka melakukan perjalanan untuk membuka pemukiman baru (babat alas). Setelah berjalan berhari-hari menembus semak belukar, langkahnya terhenti di sebuah kawasan lereng lembah yang sangat tenteram. Beliau terpana melihat keindahan alam tempat tersebut: pepohonan tersusun rapi, udaranya sejuk, serta pepohonan berbunga menyebarkan aroma harum yang menenangkan.
Ki Ageng Surandaka kemudian mengajak sanak saudara dan pengikutnya untuk mulai membersihkan sebagian lahan dan mendirikan rumah-rumah kayu. Tempat itu terbukti sangat subur; apa pun yang ditanam penduduk selalu tumbuh subur dan melimpah.
Ketika pemukiman semakin berkembang, para tetua berkumpul untuk memberikan nama bagi desa baru tersebut. Ki Ageng Surandaka kemudian mengamati sekelilingnya dan berkata:
"Wilayah ini adalah sebuah Wono (hutan/alas) yang sangat Ayu (indah, elok, dan tenteram). Maka, biarlah tempat ini kita namakan Desa Wonoayu, agar anak cucu kita selalu ingat untuk menjaga keindahan dan keasrian hutan ini."
Sejak saat itu, wilayah tersebut resmi dinamai Desa Wonoayu. Nama tersebut menjadi pengingat bagi seluruh warga desa agar senantiasa hidup berdampingan secara harmonis dengan alam, menjaga kelestarian lingkungan, dan merawat kedamaian hidup bermasyarakat.